Uroczystość otwarcia roku akademickiego 2013/2014 rozpoczęła się o godz. 11.00 w Auditorium Maximum UJ przy ul. Krupniczej, ale kilka wydarzeń tego dnia odbyło się już wcześniej – o godz. 9.00 w kolegiacie św. Anny odprawiona została msza św., a następnie z Collegium Maius UJ wyruszył do Auditorium Maximum UJ pochód profesorów i władz Uczelni. Ubranym w togi przedstawicielom wydziałów towarzyszyło grono studentów, pracowników i sympatyków Uniwersytetu. Pochód przystanął przy Dębie Wolności pod Collegium Novum, gdzie przedstawiciele Samorządu Studentów UJ w imieniu władz i społeczności akademickiej złożyli wieniec przed pamiątkową tablicą.

W obecności przedstawicieli wszystkich władz Uniwersytetu odśpiewaniem przez chór akademicki pieśni Gaude Mater Polonia rozpoczęła się główna uroczystość w auli Auditorium Maximum. Na sali obecni byli przedstawiciele najważniejszych urzędów i instytucji: minister rozwoju regionalnego Elżbieta Bieńkowska, podsekretarz stanu w Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego prof. Marek Ratajczak, wojewoda małopolski Jerzy Miller, marszałek województwa małopolskiego Marek Sowa, prezydent Krakowa prof. Jacek Majchrowski, przewodniczący Sejmiku województwa małopolskiego Kazimierz Barczyk, JE ks. kard, Franciszek Macharski, byli rektorzy: prof. Franciszek Ziejka i prof. Karol Musioł, goście z zagranicy, m.in.: Marco Benedetti dyrektor generalny ds. tłumaczeń ustnych Komisji Europejskiej, Jewgienij Nikołajewicz Safonow, dyrektor Filii Rosyjskiego Państwowego Uniwersytetu Humanistycznego Moskwa-Domodiedowo, korpus dyplomatyczny, posłowie, senatorowie, przedstawiciele wojska, policji, duchowieństwa oraz studenci.

W rozpoczynającym uroczystość przemówieniu JM Rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego prof. dr hab. med. Wojciech Nowak przypomniał, że społeczność akademicka jest dumna ze wspaniałego dziedzictwa i mocna swoją tradycją. Podkreślił jednocześnie, że Uniwersytet wypełnia współczesną misję szkoły wyższej korzystając najnowszych technologii naukowo-badawczych i dydaktycznych, a obecnie UJ to ponad 540 profesorów, 730 doktorów habilitowanych, 2600 osób pozostałej kadry nauczycielskiej, około 50 tysięcy studentów i doktorantów. Rektor poinformował także, że w marcu następnego roku odbędzie się w Krakowie Kongres Kultury Akademickiej, który stanowić będzie część obchodów 650-lecia powstania Uniwersytetu Jagiellońskiego. W czasie Kongresu omawiana będzie m.in. sytuacja szkolnictwa wyższego w Polsce.

Przemawiająca po Rektorze minister rozwoju regionalnego Elżbieta Bieńkowska, jednocześnie absolwentka UJ, mówiła o tym, jak ważne jest mądre gospodarowanie pieniędzmi ze środków publicznych. Przypomniała, że Uniwersytet Jagielloński, obok Uniwersytetu Warszawskiego i Politechniki Warszawskiej, pozyskuje najwięcej środków przeznaczonych na infrastrukturę, a kwestią zasadniczą jest obecnie określenie, w jaki sposób ma ona funkcjonować. Minister, podkreślając jak ważne są kontakty ośrodków naukowych z przemysłem, wspomniała o rządowym programie "Inteligentny rozwój", który stanowić ma dla uczelni i przedsiębiorców jasny plan współpracy – od pomysłu przez prototyp do wdrożenia.

Następnie głos zabrał podsekretarz stanu w Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego prof. Marek Ratajczak, który odczytał fragmenty listu minister nauki i szkolnictwa wyższego, prof. Barbary Kudryckiej, z okazji inauguracji roku akademickiego 2013/2014. Dodał, że mimo spadającej liczby studentów, spowodowanej niżem demograficznym, budżet przeznaczony na naukę w 2014 roku, w porównaniu z rokiem bieżącym, będzie wyższy o 1,5 mld zł. Z naciskiem powtórzył, że to ludzie tworzą uczelnie, a nie mury i wyposażenie, zatem Uniwersytet stawiający na jakość edukacji i badań naukowych z pewnością pozostanie liderem.

Uroczystość była także okazją do wręczenia odznaczeń państwowych przez wojewodę Jerzego Millera. Postanowieniem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 3 października 2012 roku za wybitne osiągnięcia w pracy naukowo-badawczej i działalności dydaktycznej, za zasługi na rzecz rozwoju nauki, odznaczeni zostali:

Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski:

prof. dr hab. Szczepan Biliński,
prof. dr hab. Tomasz Dohnalik,
prof. dr hab. Michał Jaskólski,
prof. dr hab. Jerzy Stelmach.
Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski:

prof. dr hab. Jacek Popiel,
dr hab. med. Maciej Tęsiorowski, prof. UJ,
prof. dr hab. Piotr Tworzewski, który odbierze odznaczenie w innym terminie,
dr n. med. Maja Zarzycka.
Kolejnym przemawiającym był prorektor ds. polityki kadrowej i finansowej UJ, prof. dr hab. Jacek Popiel, który poinformował o nagrodach, jakie przyznano uniwersyteckim naukowcom. Laureatami Nagród Prezesa Rady Ministrów w 2013 roku za 2012 rok zostali: prof. dr hab. Tomasz Guzik z Wydziału Lekarskiego (za wybitne osiągnięcia naukowe) oraz dr hab. Paweł Czubik z Wydziału Studiów Międzynarodowych i Politycznych (za wysoko ocenione osiągnięcia będące podstawą nadania stopnia naukowego doktora habilitowanego). Wyróżnione zostały także rozprawy doktorskie dr Moniki Czapli z Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii i dr. Jakuba Koryla z Wydziału Polonistyki. Ponadto minister edukacji narodowej przyznała 24 naszym nauczycielom akademickim, zasłużonym w działalności dydaktyczno-wychowawczej - Medale Komisji Edukacji Narodowej. Przyznane zostały także następujące Nagrody Ministra Zdrowia:

za całokształt dorobku – prof. dr hab. Kalina Kawecka-Jaszcz z Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego Collegium Medium,
indywidualna naukowa I stopnia – dr hab. Paweł Zajdel z Wydziału Farmaceutycznego Uniwersytetu Jagiellońskiego Collegium Medium,
zespołowa dydaktyczna dla zespołu w składzie: prof. dr hab. Andrzej Szczudlik, dr hab. Monika Rudzińska z Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego Collegium Medium.
O osiągnięciach naukowych pracowników UJ mówił także w swoim przemówieniu prorektor ds. badań naukowych i funduszy strukturalnych prof. dr hab. Stanisław Kistryn. Przypomniał, że w rankingu szkół wyższych nasz Uniwersytet utrzymał najwyższą lokatę w kraju. Ponadto, trzy Wydziały (w ramach konsorcjów naukowych) chlubią się statusem Krajowego Naukowego Ośrodka Wiodącego, a UJ jest największym beneficjentem konkursów organizowanych przez Narodowe Centrum Nauki.

Inauguracja była także okazją do wręczenia najważniejszych uniwersyteckich nagród. Decyzją Jury Nagrody Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego Laur Jagielloński z 18 czerwca 2013 roku otrzymali:

prof. dr hab. Artur Michalak – nauki ścisłe i przyrodnicze,
prof. dr hab. Tomasz Brzozowski – nauki medyczne.
Nowych studentów uroczyście powitał prorektor ds. dydaktyki prof. Andrzej Mania, który dokonał immatrykulacji przedstawicieli studentów piętnastu wydziałów naszej uczelni i studiów międzywydziałowych. Nowi studenci w imieniu wszystkich żaków złożyli przysięgę.

Po odśpiewaniu przez wszystkich zgromadzonych pieśni Gaudeamus igitur, prof. Franciszek Ziejka wygłosił wykład inauguracyjny Najpiękniejszy klejnot w koronie Kazimierza Wielkiego. Uniwersytet Krakowski w dziejach kultury polskiej.

Uroczystą inaugurację roku akademickiego 2013/2014 zakończyło odśpiewanie hymnu państwowego oraz tradycyjny, wzniesiony uniwersyteckim winem, toast za pomyślność Uniwersytetu.

Okolicznościowe adresy i listy przesłali: prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Bronisław Komorowski, minister kultury i dziedzictwa narodowego Bogdan Zdrojewski, minister finansów Jacek Rostowski,minister pracy i polityki społecznej Władysław Kosiniak-Kamysz, posłanka Barbara Bartuś,senator Bogdan Klich,prezes PAN prof. Michał Kleiber, przewodniczący Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich prof. Wiesław Banyś, prezes Naczelnej Rady Adwokackiej Andrzej Zwara.