Pierwszy kontakt Karola Wojtyły z Uniwersytetem Jagiellońskim miał miejsce tuż po wzorowo zdanym 14 maja 1938 roku egzaminie dojrzałości. Absolwent gimnazjum karmelickiego, kierując się miłością do teatru i literatury, z inspiracji nauczyciela Mieczysława Kotlarczyka, rozpoczął studia na Wydziale Filozoficznym UJ. Szansę na kontynuację nauki przekreśliła przeprowadzona przez Niemców Sonderaktion Krakau - akcja pacyfikacyjna, skierowana przeciwko środowisku polskich uczonych, przeprowadzona 6 listopada 1939 roku na Uniwersytecie Jagiellońskim. W jej wyniku zamknięto uniwersytet, a profesorów wywieziono do obozu Sachsenhausen. Podczas wojny Karol Wojtyła założył, wraz z innymi studentami polonistyki UJ, Teatr Rapsodyczny.

Od 1 kwietnia 1945 roku do 30 września 1946 roku był młodszym asystentem przy katedrach dogmatyki szczegółowej, patrologii i historii dogmatów na Wydziale Teologicznym UJ. 24 listopada 1948 roku, po złożeniu wymaganych egzaminów i przedłożeniu pracy Pojęcie środka zjednoczenia duszy z Bogiem w nauce św. Jana od Krzyża uzyskał dyplom magistra teologii. Doktorem teologii został 16 grudnia 1948 roku na postawie rozprawy Doctrina de fide apud S. Ioannem de Cruce , obronionej 19 czerwca 1948 roku na Papieskim Instytucie Angelicum w Rzymie. Od października 1953 roku wykładał katolicką etykę społeczną dla studentów IV i V roku w wymiarze dwóch godzin tygodniowo. W dniach 30 listopada - 3 grudnia 1954 r. przeprowadzono jego przewód habilitacyjny na podstawie rozprawy Próba opracowania etyki chrześcijańskiej według systemu Maxa Schelera. Senat Uniwersytetu Jagiellońskiego 19 stycznia zatwierdził uchwałę Rady Wydziału Teologicznego i jednogłośnie przyznał ks. Karolowi Wojtyle tytuł docenta w zakresie teologii moralnej. Katolicką etykę społeczną wykładał do końca roku akademickiego 1953/54.

Uniwersytet Jagielloński pozostał bliski sercu Karolowi Wojtyle podczas pełnia funkcji biskupa krakowskiego i kardynała. Swoje związki z macierzystą uczelnią często podkreślał również po wyborze na Stolicę Piotrową. Podczas drugiej pielgrzymki do Polski, 22 czerwca 1983 roku, w auli Collegium Maius odebrał tytuł doktora honoris causa UJ.

- Jak matka szczycąca się triumfem syna, tak pragnęła i nasza Alma Mater uczcić wielkość tego, który będąc jej magistrem, doktorem i docentem powołany został na biskupa Rzymu. Uniwersytet nie rozporządza innym sposobem wyrażania swego uznania i swych uczuć, jak nadanie doktoratu honorowego. Zgodnie z powszechnym odczuciem, nasza społeczność akademicka uznała, że w tym przypadku musi on mieć charakter wyjątkowy - doktoratu wszechnauk Uniwersytetu Jagiellońskiego - mówił w czasie uroczystości prof. Józef Gierowski, ówczesny rektor UJ.

W podziękowaniu Jan Paweł II odpowiedział: „Nie mogę ukryć, że w progi Almae Matris Iagellonicae wkraczam dzisiaj ze szczególnym wzruszeniem. Przez wiele lat jako krakowianin spotykałem się na co dzień z tym kompleksem gmachów, które kryje w sobie Uniwersytet - a jednak nie stracił on przez to na swojej wielkości. Nie spowszedniał. Pozostawił tą swoją podstawową wielkość, jaką posiada w dziejach ojczyzny oraz w dziejach kultury polskiej, europejskiej i światowej. Takim go widział jako wychowanek ksiądz Piotr Skarga, gdy nazwał Akademię Krakowską szczęśliwą fundacją królów polskich i ozdobą tej korony. Stykając się z nią na co dzień, w ciągu 40 lat mojego tutaj pobytu, ani na chwilę nie straciłem tej świadomości, że obcuję z wielkością."

Następnie papież zwrócił się do rektora z prośbą o przyjęcie przywiezionego z Rzymu daru -pamiątkowego medalu oraz faksymile starej, ptolemejskiej kosmologii. - Jako osobliwość niech pozostanie w Uniwersytecie Jagiellońskim. Kiedyś tak myślano, chociaż tutaj już torowano inną myśl o świecie - powiedział papież.

Tego samego dnia Ojciec Święty spotkał się ze społecznością akademicką na dziedzińcu Collegium Maius, co uwiecznia tablica wmurowana w ścianę budynku. Miejsce na krużganku, z którego wówczas przemawiał, upamiętnia papieski kartusz herbowy.

Jan Paweł II złożył kolejną wizytę w murach Uniwersytetu Jagiellońskiego przy okazji szóstej pielgrzymki do ojczyzny. 8 czerwca 1997 roku w kolegiacie św. Anny najpierw spotkał się z rektorami wyższych uczelni w Polsce z okazji 600-lecia Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego. Następnie papież udał się do Collegium Maius, gdzie rozmawiał z profesorami i młodzieżą akademicką oraz wysłuchał koncertu.

Wielki Jubileusz Roku 2000 i 600-lecie odnowienia Uniwersytetu stały się okazją do zorganizowania przez społeczność Uniwersytetu Jagiellońskiego pielgrzymki do Rzymu. Kulminacyjnym punktem było spotkanie jej blisko 400 uczestników z Janem Pawłem II w dniu 11 września w auli Pawła VI. Podczas uroczystej audiencji prof. Franciszek Ziejka wręczył Ojcu Świętemu wydawnictwa związane z jubileuszem odnowienia uczelni i odczytał uroczysty adres społeczności uniwersyteckiej. Papież wygłosił przemówienie do uczestników pielgrzymki oraz udzielił błogosławieństwa Uniwersytetowi Jagiellońskiemu na dalsze 100-lecie działalności.

- Kiedy myślę o Uniwersytecie Jagiellońskim, budzą się we mnie wspomnienia te odległe, jeszcze sprzed wojny i te bliskie, jak choćby pamięć naszego spotkania w kolegiacie św. Anny i w Collegium Maius w 1997 r. Stają także przed oczyma twarze profesorów i studentów, którzy tworzyli i tworzą dawną i współczesną historię tej uczelni. To wracanie myślą wstecz jest tym bardziej uzasadnione, że wciąż żyjemy atmosferą 600-lecia jagiellońskiej fundacji i odnowienia krakowskiej Alma Mater - powiedział.

Kolejne spotkanie ze społecznością akademicką miało miejsce podczas ostatniej, ósmej podróży apostolskiej do Polski. Było to w sobotę 17 sierpnia 2002 roku, gdy w drodze z Łagiewnik do Pałacu Arcybiskupiego Jan Paweł II przejechał koło powstającego nowego kampusu Uniwersytetu Jagiellońskiego w Pychowicach i zatrzymał się przed wznoszonym w sąsiedztwie gmachem biblioteki Papieskiej Akademii Teologicznej. Połączone chóry akademickie odśpiewały „Gaude Mater Polonia", a przemówienia wygłosili rektor PAT bp Tadeusz Pieronek oraz rektor UJ prof. Franciszek Ziejka. Do zgromadzonych ok. 2 tysięcy przedstawicieli pracowników świata akademickiego z całej Polski - rektorów, profesorów, studentów, pracowników administracyjnych - Jan Paweł II skierował słowa pozdrowień i życzenia, zapewniając o swojej modlitwie i wyrażając wdzięczność za spotkanie. W darze Ojciec Święty otrzymał m.in. „Złotą Księgę", kronikę dziejów Uniwersytetu Jagiellońskiego, przygotowaną z okazji 600-lecia odnowienia Akademii Krakowskiej.

Jan Paweł II zmarł 2 kwietnia 2005 roku. Jako papież nigdy nie zapominał o macierzystej uczelni i przy każdej okazji podkreślał swoje przywiązanie do niej. W czasie swojej posługi pasterskiej beatyfikował też, a następnie kanonizował dwie niezwykle ważne w dziejach Uniwersytetu Jagiellońskiego osoby - królową Jadwigę i prof. Józefa Sebastiana Pelczara.

W przededniu kanonizacji Jana Pawła II w auli Collegium Maius odbył się pokaz filmu „Moja Alma Mater" o związkach Karola Wojtyły z Uniwersytetem Jagiellońskim. Materiał, który pierwotnie miał być prezentem dla papieża, stał się po latach cennym dokumentem historycznym. Jego twórcy dotarli do wszystkich żyjących koleżanek i kolegów z okresu studiów Karola Wojtyły na uniwersytecie i przeprowadzili z nimi wywiady. Pozyskano wiele unikalnych i dotąd nieznanych materiałów ze zbiorów archiwów, a także od osób prywatnych. Pokaz filmu był połączony z wykładem prof. Franciszka Ziejki o kulisach doktoratu honoris causa dla Jana Pawła II oraz prezentacją obiektów z kolekcji Muzeum UJ związanych z papieżem.